fix: 修复 nix flake check 和 build 错误

- 添加 system.primaryUser (nix-darwin 新要求)
- 全局应用 overlays 解决 comment-checker 找不到的问题
- git/ssh/delta 选项迁移到 home-manager 新 API
- 包改名: dockerfile-language-server, nixfmt, nixd
- neovim withRuby=false, catppuccin homeModules 更名
- 更新 flake.lock (nixpkgs, home-manager, catppuccin)

modules/shared/nix.nix

@@ -14,5 +14,8 @@
     # ];
   };
 
-  nixpkgs.config.allowUnfree = true;
+  nixpkgs = {
+    config.allowUnfree = true;
+    overlays = [ (import ../../overlays) ];
+  };
 }