refactor: 重命名并整理配置文件目录结构

- 重命名文件以正确组织项目目录结构
- 重命名 deepwiki.jsonc 文件至 .mcp 目录下
- 重命名文件以正确组织配置文件路径
- 将 grep-app.jsonc 文件重命名为隐藏文件并移至 .mcp 目录下
- 重命名内存配置文件路径以符合项目规范
- 将 sequential-thinking.jsonc 文件重命名为隐藏文件并移动至 .mcp 目录下

.mcp/context7.jsonc

@@ -0,0 +1,10 @@
+{
+  "$schema": "https://opencode.ai/config.json",
+  "mcp": {
+    "context7": {
+      "type": "remote",
+      "url": "https://mcp.context7.com/mcp",
+      "enabled": false
+    }
+  }
+}